Posisi Kotabaru secara geografis terletak di sisi tenggara propinsi Kalimantan Selatan dengan titik koordinat diantara 20° 20’ - 40° 56’ Lintang Selatan dan, 1150° 29’ - 1160° 30’ Bujur Timur dengan ibukota Kotabaru.

Wilayah Kabupaten Kotabaru berbatasan :
1. Utara dengan propinsi Kalimantan Timur
2. Timur dengan selat makasar
3. Selatan dengan laut Jawa
4. Barat dengan Kabupaten Hulu Sungai Tengah, Kabupaten Hulu Sungai Utara, Kabupaten Balangan, dan Kabupaten Tanah Bumbu.

Kabupaten Kotabaru merupakan Kabupaten terluas di Kalimantan Selatan, dengan luas wilayah 9.442,46 Km2 atau lebih kurang seperempat luas wilayah propinsi Kalimantan Selatan. Kabupaten Kotabaru terbagi menjadi 21 kecamatan dan 192 kelurahan/desa.

Wilayah Kabupaten Kotabaru juga terdiri dari 45 pulau besar dan kecil, yang terbesar adalah Pulau Laut, dan diantaranya ada beberapa pulau yang dapat dikategorikan sebagai pulau besar yaitu Pulau Sebuku, Pulau Kunyit dan Pulau Sewangi.